支払基金では、医療保険者等向け中間サーバー、オンライン資格確認等システム、及びオンライン資格確認等システムを基盤とする電子処方箋管理サービスを国民健康保険中央会と共同し、一体的に運営しています。
（基金法第15条第1項第6号及び7号に規定される保険者からの委託を受けて行う業務、地域における医療及び介護の総合的な確保の促進に関する法律第24条第2項各号に定められる業務）
運営に係る費用は、全体の必要経費について、支払基金と国民健康保険中央会がそれぞれ契約している各保険者等によって負担される「運営負担金」で賄われています。運営負担金は各保険者等へ、加入者数分を請求することとしています。

※「医療保険情報提供等実施機関」とは、厚労省からの要請を受け、医療保険者等向け中間サーバー等の設置運営に係る業務、オンライン資格確認等に関する業務、電子処方箋管理業務等を共同で行うために、支払基金と都道府県国民健康保険団体連合会から委託を受けた国民健康保険中央会で設置するものです。

※1　消費税相当額を含みます。
※2　共済組合等とは、国家公務員共済組合、地方公務員共済組合及び日本私立学校振興・共済事業団です。

運営負担金（加入者1人あたりの月額単価）は、医療保険者等向け中間サーバー等の運用に係る必要経費を加入者数で除して月額にて算出しています。