わが国の健康保険制度は昭和2年に創設されましたが、当時の疾病又は負傷に対する療養の給付は、いわゆる現物給付を原則とし、その診療報酬は保険者と日本医師会、日本歯科医師会との診療契約により支払われていました。
ところが、昭和22年11月にそれまで医療費の審査・支払を行ってきた両医師会が解散となったため、保険診療を確保するための対応策が必要となり、昭和23年2月に暫定措置として保険医指導委員会が設置され、保険医の指導と診療報酬請求書の審査を行うこととなりました。また、支払事務は、政府管掌分は社会保険協会が、組合管掌分は健康保険組合連合会支部が行うこととされました。
しかし、保険医指導委員会や社会保険協会の法的責任が明確ではないこと、支払遅延が深刻化したことなどから、審査・支払を一元的に行う機関の創設が必要となり、昭和23年の第2回国会に「社会保険診療報酬支払基金法案」が提出され同年7月に成立しました。
こうして支払基金は昭和23年9月1日から業務を開始し、「全国の保険医療機関等から請求される診療報酬を審査したうえで、保険者ごとに取りまとめて請求し、医療機関へ支払う」という診療報酬の審査・支払が一元化されることとなりました。

その後、医療保険制度の充実・進展とともに支払基金の取扱業務は拡大し、今日では、被用者のための医療保険（被用者保険）、公費負担の諸制度に係る診療報酬の審査・支払業務のほか、高齢者医療制度・介護保険における保険者との財政調整業務や医療保険者等向け中間サーバーの運営を行う社会保障・税番号制度関係業務等に大きな役割を果たしてきています。
このように支払基金は、医療保険制度の円滑な運営に欠くことのできない各種サービスを提供し、顧客満足度を高めることを第一の目標とする組織として歩み続けています。