支払基金の手数料は、業務に必要な費用を診療報酬請求書の数を基本として保険者にご負担いただくことが法律（支払基金法第２６条）によって定められています。
　しかしながら、その具体的な額については、保険者財政もたいへん厳しい中、できる限り低額の手数料を希望される保険者との厳しい交渉を経て契約をもって決定されており、その水準の目安となる平均手数料については、平成９年度決算においては１０７．８８円であったものが、平成２６年度予算においては８０．６０円となっています（いずれも消費税を含みます。）。
　この８０．６０円（消費税５％換算では、７８．３６円）は、「支払基金サービス向上計画（平成２３年度～２７年度）」で定めた平成２７年度の平均手数料を８０.００円以下とするという目標を１年前倒して達成したことになります。