レセプト電算処理システムは、保険医療機関等が、電子レセプトをオンラインにより審査支払機関に提出し、審査支払機関において、受付、審査及び請求支払業務を行い、保険者が受け取る仕組みのことです。
また、保険医療機関等、審査支払機関及び保険者を通じて一貫した整合性のあるシステムを構築し、業務量の軽減と事務処理の迅速化を実現することを目的としています。

• レセプト（診療報酬明細書）は、医療費の請求明細のことで、保険医療機関等が保険者に医療費等を請求する際に使用するものです。
  従前は、この医療費等の請求を紙のレセプトで行っていましたが、保険医療機関等、審査支払機関、保険者の医療保険関係者すべての事務の効率化の観点から「レセプト電算処理システム」が構築され、現在では、原則、電子レセプトによる請求となっています。
• 電子レセプトとは、紙レセプトのように、定められた様式の所定の場所に、漢字やカナ、アルファベットによって傷病名や診療行為を記録（記載）する方法と異なり、厚生労働省が定めた規格・方式（記録条件仕様）に基づきレセプト電算処理マスターコードを使って、CSV形式のテキストで電子的に記録されたレセプトのことを言います。
• 電子レセプトは、コンピュータで扱うフォーマットであり、保険医療機関等、審査支払機関及び保険者に共通仕様となっています。

令和5年11月30日付で、請求命令の一部改正命令が公布され、これにより、令和6年4月1日以降は、オンライン請求が基本的な請求方法となりました。
また、 電子レセプトの請求方法等については、厚生労働省保険局医療介護連携政策課長通知（令和6年9月27日保連発0927第1号）によって、取扱要領が規程されています。

保険者（公費実施機関を除く）についても、厚生労働省保険局総務課長通知（平成22年7月30日保総発0730第2号）（取扱要領）によって、平成23年4月以降、診療（調剤）報酬明細書情報を電子情報処理組織を使用して行うこととなっています。

令和5年11月30日付で、請求命令の一部改正命令が改正され、保険医療機関等による診療報酬等の請求方法は、原則、オンラインによる方法となりました。
また、同日付けの訪看請求命令で訪問看護ステーションによる訪問看護療養費の請求方法として、オンラインによる方法が追加されました。
審査支払機関から保険者に対しては、平成19年3月の厚生労働省からの通知（保総発0330008号）により、オンライン請求が可能となりました。